Pourquoi personne ne se souvient du monde d'avant ? La Grande Guerre pour la suprématie du monde qui opposa les cinq races se solda par la victoire de l'humanité menée par le héros Sid. Mais soudain, le monde est réécrit sous les yeux du jeune Kai qui se retrouve projeté dans un monde dans lequel les humains ont perdu la Grande Guerre des cinq races. Alors que Kai et ses camarades explorent une vaste zone afin d'en apprendre plus sur le mode de vie des spectres et essayer de les attirer dans un piège, ils aperçoivent tout à coup un Tombeau.
Guidés par Six Luminess, ils décident de partir en exploration à l'intérieur du bâtiment dans lequel ils trouvent une statue de pierre du Maître des anges Alfreya, le héros des Célestins. Après plusieurs combats, Kai se retrouve face au coriace Lasteraser et prend conscience de la véritable puissance de son épée ! Un jeune homme dont l'existence a été effacée va tenter de remettre en place le monde tel qu'il était avant !